La flora del RNVSM Maquenque posee una composición muy particular, cuya combinación de especies es exclusiva de la región. Entre los factores que tienen un efecto significativo en su diversidad de plantas se encuentra su clima con una estacionalidad corta, 1-2 meses secos (Herrera & Gómez 1993), altas precipitaciones y una topografía irregular, con terreno mayormente ondulado; este último factor, es quizás, uno de los de los de mayor influencia en la generación de la alta diversidad de plantas. Su flora ha permitio caracterizar la región como una región florística distinta, respecto a regiones colindantes, como son las llanuras de Guatuso y Tortuguero, ver Zamora et al. (2004). Aglomera elementos de patrones flortísticos vecinos, pero merece resaltar un endemismo binacional en la parte baja media del Río San Juan, con especies como: Eugenia sancarlosensis, Eschweilera costaricensis y Stephanopodium costarricense; también, al momento hay un endemismo local que se extiende hacia la parte sur del Corredor Biológico San Juan-La Selva, producto de recientes hallazgos de especies nuevas, como: Drymonia glandulosa, D. rubripilosa, Licania arachicarpa, Ormosia intermedia, Symplocos striata, Swartzia maquenquena, ver Kriebel & Zamora (2004), Kriebel (2005, 2006), Zamora & Solano (en prep.), Zamora (en prep.), Zamora (2006, submited). Además existe un número de especies con distribuciones disjuntas, especialmente, con la Península de Osa en la vertiente Pacífica, tales como: Elaeoluma glabrescens, Elvasia elvasioides, Manilkara staminodella, Paponpsis mucronata, Qualea polychroma, Ruptiliocarpon caracolito, Symplocos naniflora, Vochysia allenii, etc. La región es a su vez importante por poseer la mayor abundancia en el país de especies como: Couma macrocarpa, Dipteryx panamensis, Elaeoluma glabrescens, Licania affinis, Vatairea lundellii, Podocarpus guatemalensis, etc.
El inventario en 12 parcelas de 1 ha., ha sido una de las mayores fuentes para la elaboración de la lista aquí presentada, dicho estudio registró un total de 333 especies arbóreas, palmas y lianas (= 10 cm dap) en la región, distribuidas en 63 familias y 180 géneros. La región del RNVSM Maquenque figura como un núcleo de alta diversidad de especies arbóreas a nivel de país, en espécial de los géneros Eschweilera (Lecythidaceae), Inga (Fabaceae), Pouteria (Sapotaceae) y Sloanea (Elaeocarpaceae), etc. En general las familias de estos géneros registran quizás los índices más altos de diversidad en el país. El resto de la flora y el área fue inventariada, hasta donde fue posible, mediante el método de recolección libre, generando especimenes de herbario para aquellas especies que se encontraban en estado reproductivo durante el periodo del proyecto, 2003-2006.
La lista que a continucación se presenta contiene un total de 129 familias, 443 géneros y 863 especies. Cada especie es acompañada por su respectivo autor y entre paréntsis se incluye un testigo o espécimen de herbario, o bien se cita el responsable de la observación en el campo. Vale aclarar que la mayoría de especies registradas por obsevación de campo son especies que se encuentran en las parcelas permanentes, cuyos individuos estan debidamente enumerados por parcela y sitio. Se hicieron testigos de herbario en estado no reproductivo para aquellas especies encontradas en las parcelas, cuya taxonomía era compleja, rara, o no conocida al nivel de especie, etc.; por lo que se determinó importante dejar una colección de referencia en el herbario.
Todos los especimenes recolectados en la región se encuentran depositados en el herbario y base de datos del Instituto Nacional de Biodiversidad.